Provavelmente há uma diferença de desempenho, mas provavelmente é bem pequena.
Aqui está o que eu encontrei (tudo baseado no Google Docs para Python ).
BigTable não suporta informações PolyModel nativamente. Em vez disso, é implementado usando uma propriedade 'class'. Portanto, ao tentar realizar uma pesquisa, por exemplo, para encontrar uma classe base, você estará pesquisando nessa propriedade 'class'.
Todas as consultas que usam a classe PolyModel têm um filtro extra aplicado que filtra pela classe especificada (usando a propriedade 'class').
Quaisquer índices criados para uma classe PolyModel, devem levar em consideração a coluna 'classe' extra.
Essencialmente, a classe PolyModel cuida sozinha da propriedade 'class', inserindo-a em consultas e utilizando-a para outras consultas. Fora isso, ele funciona idêntico ao uso padrão do BigTable.
Portanto, a diferença é realmente apenas adicionar e manter uma coluna extra.
Existe uma diferença de desempenho? Sim, provavelmente sim. Cada coluna que você adicionar a qualquer sistema de banco de dados terá um impacto no desempenho. Mas isso é significativo? Provavelmente não.