Depende de como é feio e de quanto controle você tem sobre o design e o que interage com ele. Tive que interagir com vários bancos de dados feios ao longo dos anos no meu trabalho atual, e aqui está como lidei com eles:
Dados do Funcionário
Existe o banco de dados que contém os dados dos funcionários. É um banco de dados de fornecedores, então não tenho controle sobre ele. Felizmente, não tenho acesso direto a ele. Recebo um despejo de DTS todas as manhãs.
O melhor que consegui gerenciar é escrever um script que limpe a entrada do despejo da manhã (sim, a escolha da palavra foi intencional) e migrá-la para um formato mais útil e trabalhar com os dados limpos.
Mesmo que eu pudesse mudar isso, provavelmente não mudaria - apenas porque há um grande número de outros programas que dependem da configuração do jeito que está, e não posso forçar uma mudança neles.
Dados de treinamento on-line
Isso foi uma bagunça do meu próprio design. Eu o construí recém-saído da faculdade, sem um mentor para me ajudar ... Desde então, tenho corrigido isso um pouco de cada vez. Como eu controlo o único programa que acessa os dados, conforme atualizo partes do site, "atualizarei" a configuração do banco de dados. Escreverei um script de transformação e testarei vigorosamente em uma cópia para garantir que todas as alterações que precisam ser feitas sejam feitas.
Tem sido um processo longo, mas está indo bem.
Dados de treinamento em sala de aula
Meu projeto piloto foi integrar dados de três bancos de dados diferentes, todos projetados de maneira um pouco diferente pelo meu antecessor ... que era um enfermeiro educador que fazia uma ou duas aulas de programação.
Esse tem sido outro processo lento. Desde que eu tenho controle total sobre os programas que acessam os dados, tenho mudado aos poucos, como os dados de treinamento on-line.
Em retrospecto, esse teria sido o principal candidato para começar de maneira limpa ... a visão posterior é sempre 20/20.
No final...
Não sei o quanto isso foi útil e posso elaborar mais (até certo ponto, o legal da empresa yada yada e tudo). A resposta final é "Depende".