Em resumo, você não pode impedir que seus clientes modifiquem contêineres executados em sua própria infraestrutura. Os contêineres não são como binários que podem ser ofuscados; eles são ambientes de tempo de execução. O código que você distribui dentro do contêiner, no entanto, pode ser ofuscado.
Sua pergunta alude a um problema de suporte de terceiros: clientes que modificam o software que executam em seus próprios ambientes. Se você fornecer ferramentas para operar os contêineres fornecidos (por exemplo, monitoramento e registro), os clientes deverão concordar (como parte de uma licença de software) em não fazer modificações não autorizadas. Isso se aplica a todos os tipos de software de terceiros, não apenas a contêineres.
Dependendo da sua situação, você também pode ter a opção de fornecer seu aplicativo como Software como Serviço (SaaS) em execução em uma infraestrutura de nuvem.
Se o seu cliente exige que seus contêineres sejam executados em sua infraestrutura e se recusa a respeitar as restrições de modificação, provavelmente você não deseja tentar oferecer suporte ao uso do software.