Como Michael mencionou, ofereça uma solução padrão baseada em versões / números de lançamento, com uma vida útil razoavelmente longa para o seu setor (talvez intercalada com uma ou mais versões intermediárias de vida útil mais curta, se isso fizer sentido para seus clientes típicos).
Dê a seus clientes a opção de embarcar nessa faixa de lançamento padrão, talvez com um prazo de migração decente.
Se eles insistirem em uma estratégia de suporte completo à filial, basta cobrá-los adequadamente, para cobrir adequadamente todos os seus custos extras por oferecer esse suporte completo - isso só faz sentido para os negócios. Alguns clientes migrarão para reduzir seus custos (o que o ajudará a reduzir o número de filiais personalizadas), outros não.
O faturamento de suporte variável, crescendo progressivamente com a idade das versões de lançamento das quais as ramificações personalizadas se originam também pode ser um incentivo para os clientes migrarem para ramificações mais recentes mais rapidamente, ajudando no fechamento mais rápido das ramificações personalizadas mais antigas. Isso pode ajudar a reduzir o número de filiais personalizadas por cliente - se você tiver clientes que executam simultaneamente várias versões do seu software.
Certifique-se de não cair na armadilha de fazer mesclagens de ramificações completas de / para qualquer uma das ramificações de liberação (padrão e personalizadas); todas as alterações nelas devem ser desenvolvidas individualmente ou corrigidas mescladas.
Como cada uma dessas ramificações diverge gradualmente uma da outra, o número de hotfixes que requerem personalização / desenvolvimento individual aumentará exponencialmente (a fusão simples de seleção de cereja falhará). Você precisa levar em consideração o custo de desenvolvimento.
Com nenhuma ramificação (significativa) mesclada na imagem, você pode (e não devo enfatizar sua importância o suficiente) criar pipelines de CI / CD totalmente automatizados para essas ramificações, acompanhados de um bom sistema de rastreamento / gerenciamento de hotfix, tornando a entrega do hotfix apenas rotina (ou quase).