Respostas:
Apesar de suas instruções de não usá-lo para adicionar JS a todas as páginas, hook_init()você poderá adicionar JS de uma maneira mais sofisticada drupal_add_js().
Dito isto, é raro que um arquivo JS seja carregado em TODAS as páginas, portanto, provavelmente há mais otimização que você pode fazer. Consulte também a propriedade FAPI #attachedpara adicionar JS a um formulário.