Adicionar JS a uma página não é tão difícil assim, mesmo que você precise usar o php.
Para arquivos JS normais, você pode fazer algo assim
drupal_add_js($path_to_js)
No entanto, o Drupal registrou a interface do usuário do jQuery nas bibliotecas, facilitando a adição de arquivos JS e CSS para determinados plugins da interface do usuário do jQuery. Isso pode ser feito usando
drupal_add_library($module, $library);
Todos os plugins da interface do usuário do jQuery existem no módulo do sistema, então você pode fazer
drupal_add_library('system', 'ui');
ou
drupal_add_library('system', 'ui.accordion');
Alguns desses plugins têm dependências porque usam outros plugins. O Drupal lida com isso de maneira inteligente e incluirá os componentes necessários.
Você pode ver a lista completa de plugins jQuery aqui . Isso é formatado como uma matriz PHP, mas geralmente a convenção de nomenclatura é ui.PLUGIN-NAME.
Se você precisar adicionar o JS em todas as páginas, basta adicionar um gancho de página de pré-processamento e adicioná-los lá. Isso seria algo parecido com isso no arquivo template.php.
function NAME_OF_THEME_preprocess_page(&$variables) {
drupal_add_library('system', 'ui');
drupal_add_library('system', 'ui.accordion');
drupal_add_library('system', 'effects.highlight');
}