Observe, porém, que qualquer função que você chamar pode não ter as variáveis apropriadas no escopo se não for uma função cron. Eu acho que as implementações hook_cron (), por outro lado, devem ser independentes.
Você pode confirmar em qual versão do drush funciona? Eu apenas olhei para core.drush.inc na versão do PEAR e não estou vendo argumentos para esse comando.
my_module_cron();
neste contexto?