Um problema que encontramos no Drupal 7 é quando você tem muitos nós que obteriam o mesmo caminho alternativo. Porque o que acontece é que o primeiro recebe o alias de $, o segundo tenta o $ alias, vê que este já está reservado e usa o $ alias-1. O terceiro tenta $ alias, depois $ alias-1 e depois usa $ alias-2. E assim por diante. Esse não é o problema de pathauto, no entanto, e não é realmente um bug, pois você deve limpar seus dados ruins (tivemos 600 mil artigos impressos importados com centenas de títulos iguais .. como "clima";)) ou escolher um padrão melhor para seu alias (por exemplo, inclua a data). Isso também pode diminuir seriamente a importação de dados, se você tiver o pathauto ativado.
Outro problema é que o navegador de tokens explode se você tiver muitos campos que podem quebrar completamente qualquer página que liste um navegador de tokens, especialmente o site de configuração do pathauto que possui vários desses.
Além dos problemas relacionados, não vi nenhum problema de desempenho direto causado pelo Pathauto. Se você pensa que sim, o que realmente deve fazer é criar um perfil no seu site com o Xhprof para ver o que realmente está usando a CPU / memória.