Respostas:
Isso é o que a <link rel="canonical">tag meta é para .
Não sei ao certo onde você conseguiu as informações de que essa metatag não é boa para SEO, mas temo que sua fonte esteja incorreta; O oposto é verdadeiro. Isto é o que o Google tem a dizer sobre o assunto:
Carpe diem sobre qualquer conteúdo duplicado: agora oferecemos suporte a um formato que permite especificar publicamente sua versão preferida de um URL. Se o seu site tiver um conteúdo idêntico ou muito semelhante acessível através de vários URLs, esse formato fornecerá mais controle sobre o URL retornado nos resultados de pesquisa. Também ajuda a garantir que propriedades como a popularidade do link sejam consolidadas na sua versão preferida.
Como você pode ver, é isso que o Google recomenda que você faça para evitar o problema das multas de SEO por conteúdo duplicado. Esta informação tem vários anos e não mudou.
Que eu saiba, os seguintes módulos adicionarão um link canônico aos seus documentos:
Pode muito bem haver mais. Os 2 módulos de redirecionamento acima provavelmente o ajudarão ainda mais, pois eles executarão automaticamente um redirecionamento 301 para o URL canônico quando qualquer um dos outros for visitado. O Google também incentiva o uso desses cabeçalhos nessa situação.
Não deixe de ler toda a postagem do blog oficial do Google para webmasters vinculada a acima para entender por que esse método é o correto, pois é muito importante em termos de SEO atualmente.
Ah, e se eu fosse você, suspeitaria de qualquer outra coisa que sua fonte original diga a você ... eles obviamente não sabem muito sobre SEO!
Referência adicional:
E existem literalmente dezenas de outras ... pesquise no Google por "SEO canonical".