Temos alguns módulos personalizados que são usados para vários sites. Eles não podem ser liberados como módulos contribuídos, por exemplo, porque são específicos do cliente, fazem suposições que não funcionam para os módulos contribuídos e assim por diante.
Conheço as seguintes possibilidades para lidar com isso:
copie e cole-os. Torna obviamente difícil manter o módulo atualizado em todas as instalações.
Tenha uma única instalação multi-site, mas isso nem sempre é possível.
Use sub-módulos git, mas eles podem ser desagradáveis, é fácil esquecer de atualizá-los e nem sempre são suportados (por exemplo, Pantheon)
Drush faz scripts para fazer check-out em um repositório git comum. Para isso, você precisa usar o drush make para todo o site e não o usamos atualmente.
http://drupal.org/project/fserver . Ainda não tentei isso, alguém sabe se é estável o suficiente? A descrição do projeto não parece muito promissora e não existe a versão 7.x.
Mais alguma coisa / melhor? O que você prefere e por quê?