A maneira como você vê esse trabalho é puramente a forma como a interface do usuário do menu foi escrita. A maneira como os menus são estruturados no banco de dados permite todos os tipos de outras possibilidades, que qualquer um poderia criar um módulo.
Presumo (não sei porque não estava envolvido com a construção do módulo de menu e nunca investiguei isso):
O motivo é que, no drupal, a interface do menu centraliza-se em menus, não em itens de menu.
Isso ocorre porque geralmente você tem um ou mais menus que deseja exibir no site, portanto, adicione itens de menu a um determinado menu.
A alternativa é que tudo gire em torno dos itens de menu (caminhos) e você vá para um caminho e diga "Quero que esse caminho esteja em todos esses menus".
Eu diria que a decisão foi tomada (se foi mesmo uma decisão. É bem possível que ela tenha sido escrita dessa maneira e ninguém a questionou) com base nos casos de uso percebidos.
Pessoalmente, vejo mais casos de uso para gerenciar menus no nível do menu do que no nível do item de menu. Raramente eu gostaria de ver todos os menus em que um item de menu se encontra. Normalmente, eu só quero gerenciar um menu e colocá-lo onde ele precisa ir no layout. É um menu discreto, portanto é gerenciado dessa maneira.
Posso ver que existem alguns casos de uso para ver todos os itens de menu de uma determinada página, mas definitivamente acho que é menos comum do que querer ver quais itens de menu estão em um menu.
O Views tem suporte para itens de menu, portanto é muito fácil criar uma exibição de item de menu que apresente a interface do usuário alternativa.