Estou procurando há algum tempo uma solução para o problema de reconstrução dos menus do Drupal até encontrar um problema do Drupal que me ajudou. Minha solução (em um script php) é a seguinte:
db_query("DELETE FROM {menu_links} WHERE module = 'system'");
db_query("DELETE FROM {menu_links} WHERE menu_name = 'management'");
menu_rebuild();
Isso também pode ser feito inserindo as consultas através do phpmyadmin ou algo parecido:
DELETE FROM {menu_links} WHERE module = 'system'
DELETE FROM {menu_links} WHERE menu_name = 'management'
E, em seguida, reconstruindo a estrutura do menu. Se você usar o módulo devel, poderá conseguir isso visitando a página /devel/menu/reset
. Se você não possui o módulo devel, não sei como reconstruir a estrutura do menu.
Não se esqueça de fazer backup do seu banco de dados antes de tentar isso.