Para Drupal 8
Consulta de entidade:
$query = \Drupal::entityTypeManager()->getStorage('entity_type')->getQuery();
$query->condition('field/property', [1, 2, 3], 'IN');
$ids = $query->execute();
Consulta SQL (selecione), essencialmente o mesmo para outros tipos de consulta.
$query = \Drupal::database()->select('table', 't');
$query->condition('column', [1, 2, 3], 'IN');
...
Para Drupal 7
Veja a resposta de Berdir.
Para Drupal 6
Você pode fazer assim:
$nids = array(1, 2, 3);
$placeholders = db_placeholders($nids);
$result = db_query("SELECT * FROM {node} WHERE nid IN ($placeholders)", $nids);
db_placeholders é necessário no Drupal 6, que criará uma string que contém os espaços reservados necessários para a matriz de valores fornecida. O Drupal 7 lida com tudo isso internamente, como Berdir descreve.