Balanços e rotatórias realmente, depende do seu caso de uso ...
Nos bastidores, não há essencialmente nenhuma diferença - os dois tipos de campo relacionam uma entidade a outra por meio de um ID, portanto, realmente se trata de qual tipo fornece os detalhes que você precisa / deseja.
Como você mencionou, a Taxonomy possui o widget de marcação aberta, o que é bom, mas a Referência de entidade possui integração de Views (por meio do Entity Reference View Widget ), o que significa que você pode definir uma exibição tão complexa quanto desejar para o widget de seleção. Também é muito legal.
E também há o formulário de entidade em linha que você também mencionou. Essa é uma ferramenta excelente, obviamente, mas só é realmente útil se você precisar dela em seu projeto.
O que a Taxonomia tem a oferecer é que faz parte do núcleo e não requer muitos outros módulos instalados para funcionar. Mas então, em um Drupal normal, muitos desses módulos provavelmente já estarão lá. Ele também mantém uma tabela de índice de termos para nós que pode ajudar no desempenho, mas obviamente apenas se você estiver relacionando seus termos aos tipos de nós.
Eu acho que sua escolha vai se resumir a quais widgets / formatadores você precisa para que uma situação em particular seja honesta, é muito difícil ligar :)