Respostas:
Com uma exceção, sim. Essa exceção é cache_form. Na verdade, não é uma tabela de cache, mas contém informações temporárias $ form_state dos formulários atualmente exibidos no seu site. Limpar essa tabela invalidaria esses formulários e, quando um usuário tentar enviá-lo, ele receberá uma mensagem de erro e precisará preenchê-lo novamente.
Note-se que drush sql-dumpe backup e migrar automaticamente deixar o conteúdo dessas e outras tabelas ao criar um despejo de banco de dados com estes em vez de mysqldump ou phpmyadmin.
Há um "amigo falso" nessa lista. cache_form não é uma tabela de cache e o seu esvaziamento invalidará todos os formulários ativos no site naquele momento.
Também não vejo uma razão pela qual você usaria o phpmyadmin para isso. É desajeitado e propenso a erros. "drush cc all" é seu amigo :)
O objetivo das tabelas de cache é manter os valores calculados. Quando um módulo chama cache_get () e retorna um valor vazio, ele apenas executa o código para recuperar os valores em cache.
Todos os módulos que conheço executam automaticamente o código para obter o valor esperado no cache, se o cache estiver vazio; esvaziar o cache não causa nenhum problema aos módulos que o utilizam.
Já o fiz muitas vezes e não encontrei nenhum problema ao fazê-lo.
Aviso importante - tente limpar todas as tabelas de cache de uma só vez. Isso impedirá que o Drupal use dados de cache inválidos.