Como você diz, o Maria DB é um substituto completamente transparente para o MySQL. Seus lançamentos coincidem com a mesma versão principal / secundária do MySQL, por isso é praticamente sempre em conjunto no que diz respeito aos recursos. Ele lê os arquivos de dados binários padrão do MySQL, usa o systen my.cnf padrão e ainda possui um substituto para o InnoDB.
A idéia é que, no que diz respeito à sua aplicação, ela pense que está se conectando a um servidor MySQL. Ele usa drivers MySQL, emite instruções completas do MySQL e recebe respostas exatamente como o servidor MySQL enviaria. Seu aplicativo não saberá a diferença.
Estou usando Maria há algum tempo nos sites Drupal (também usando Drush extensivamente) e não tive um único problema até o momento. Se você estiver executando o * nix, a atualização é apenas um trabalho de dois minutos.