Ao desinstalar um módulo, é necessário desativá-lo primeiro no módulo Administrador do Drupal. Você deve desinstalá-lo através da guia "Desinstalar".
O mesmo vale para temas, primeiro desabilite o administrador de temas.
Se, por exemplo, você excluir a pasta do módulo no sistema de arquivos sem desativá-lo, o Drupal continuará pesquisando o módulo no sistema de arquivos, o que pode resultar, entre outros erros, no problema que está ocorrendo.
Consulte também: Evite verificar novamente o diretório do módulo quando vários módulos estiverem ausentes
Em resposta ao comentário do MPD, você precisará fazer algo como
SELECT name, filename FROM system WHERE status = 1;
e faça referência cruzada com os módulos em seu sistema de arquivos. Todos os módulos ativados e os temas também devem estar presentes.
Há também uma função (ligeiramente adaptada) Martin_Dresden postada aqui:
https://drupal.org/node/1080330#comment-6520842
function MYMODULE_init() {
$startingtime = microtime(true);
$o = '<p>Checking for dead modules ...</p>';
$result = db_select('system')
->fields('system', array('filename'))
->condition('status', '1', '=')
->execute();
$n = 1;
$m = 0;
foreach ($result as $row) {
$path = DRUPAL_ROOT.'/'.$row->filename;
If (!file_exists($path)) {
$o .= "#$n $path<br>";
$m++;
}
$n++;
}
$timedif = round(microtime(true) - $startingtime,3);
$o .= "Total of $n active modules registered in database. $m dead entries found.<br>";
$o .= 'Query Time: '.$timedif.' seconds';
drupal_set_message($o);
}
Isso pode ajudar na depuração.