Na questão, parece estar implícito que o ADC leva mais tempo para retornar o valor na forma de complemento de 2 do que no binário direto. Embora isso possa ser o caso em alguma implementação específica de um ADC, isso não é verdade em geral (por exemplo, a série MSP430 de microcontroladores possui um on-chip periférico ADC que informa o valor em binário direto ou em complemento de 2, mas leva o mesmo número de ciclos nos dois casos).
Com isso fora do caminho, a escolha entre o complemento de 2 e o binário direto se resume principalmente ao modo como seus transdutores funcionam e como você gosta de processar seus dados.
No modo binário direto, o ADC está fornecendo um número que representa a razão entre a magnitude da quantidade analógica medida (virtualmente sempre tensão) e a quantidade de referência em escala completa. Por exemplo, um ADC de 10 bits pode retornar valores de 0 a 1023 (inclusive). Se você medir uma tensão (por exemplo, 1,25 Volts), que é metade da tensão de referência do ADC (por exemplo, 2,50 Volts), o código binário que você ler será metade do valor máximo que você poderia ler - portanto, 512 ou mais, sujeita a arredondamentos e não linearidades no ADC.
Por exemplo, digamos que você tenha um transdutor que relate a quantidade de combustível de foguete em um tanque. 0V significa que o tanque está vazio e 2,5V Volts significa que está cheio. Então você acabou de conectar o transdutor ao seu ADC e pronto!
Mas observe que no parágrafo acima, não há como medir tensões negativas. E se quiséssemos medir o fluxo de combustível de foguete dentro e fora do tanque (e tivéssemos um transdutor para fazer isso)? O ADC não pode medir números negativos, por isso temos um problema. No entanto, existe uma maneira fácil de falsificá-lo usando o modo de complemento de 2: Nesse caso, a saída do transdutor é polarizada novamente, de modo que o ponto zero esteja a meio caminho entre as duas tensões de referência do ADC. Em outras palavras, os fluxos positivos são representados por tensões entre 1,25V e 2,50V, e os fluxos negativos são representados por 1,25V a 0V - portanto, os fluxos no tanque fornecerão códigos ADC de 512 a 1023 e os fluxos fora do agradecimento fornecerão códigos de 511 a 0 (em formato binário direto).
Agora isso é muito inconveniente. Temos que subtrair 512 de cada medida antes de fazer qualquer coisa com ela, o que fornece números no intervalo -512 a +511. O ponto principal do modo 2 é que ele faz isso por você!
No entanto, você ainda pode querer usar o binário direto com um transdutor que produz resultados assinados. Por exemplo, seu transdutor pode ter saídas diferenciais: nesse caso, você deseja subtrair a saída invertida da saída não invertida de qualquer maneira, portanto, não há vantagem em usar o complemento de 2.