Se fosse a minha fonte de alimentação, eu teria uma que possa lidar com shorts com algum tipo de limitação de corrente, e não se preocupe. Isso é ineficiente, pois a energia será dissipada dentro da fonte de alimentação.
Se você estiver preocupado com a corrente de irrupção que prejudica o suprimento, coloque um indutor em série com o capacitor. Os indutores resistem a mudanças de corrente, mas acabam se estabelecendo como fios retos. Você vai querer algo como o mostrado aqui http://www.hammondmfg.com/153.htm com o núcleo laminado e o suporte de montagem de metal.
Que tamanho? Para se ter uma idéia aproximada ... A equação fundamental para indutores é dI / dt = V / L. reorganize isso para dI = (V / L) dt e imagine deltas gregos maiúsculos em vez das minúsculas infinitesimais 'd'. A mudança na corrente é de zero para a corrente inicial de partida. Vamos colocar dt em 1 segundo, pois, embora não estamos tentando construir um circuito ressonante, a frequência característica de um circuito com 1F e 1H é de 1 radiano / s. Suponha que você tenha uma boa bobina de 1H. A queda de tensão inicial no indutor é de 5V. Então temos 5 amperes. Na vida real, a ESR do capacitor e a resistência interna da fonte de alimentação, bem como sua capacidade de fornecer apenas tanta corrente, significa que você provavelmente não conseguirá isso. Limitar a corrente para dizer 1A significa uma bobina de 5H.
A maneira menos eficiente de limitar a corrente é com um resistor ou um regulador de corrente, como um LM317. Mas isso provavelmente é muito mais barato que uma bobina de 5H, a menos que você já tenha uma bobina como essa em uma caixa de peças indesejadas (isso era comum em TVs antigas das décadas de 1960 e 1970)
Os circuitos de carregamento do supercapacitor podem se envolver bastante em aplicações que coletam pequenas quantidades de energia, onde não é desperdiçado um microwatt, onde é essencial uma eficiência> 90% da carga. Em algumas aplicações, a corrente de carregamento pode ser apenas um fator menor que a corrente de fuga. Uma boa leitura com detalhes técnicos: http://www.energyharvestingjournal.com/articles/using-a-supercapacitor-to-manage-your-power-00001921.asp