Não vejo por que um orifício revestido deve fornecer melhor suporte ou proteção. Um orifício de montagem deve ser um pouco maior que o parafuso no qual ele se encaixará; o material de revestimento das partes internas do orifício não importa.
Como Scott diz que os furos não revestidos podem acrescentar um passo extra: pense nisso, você grava seu PCB, perfura todos os furos, os cobre e está pronto. Se você deseja ter orifícios não revestidos, precisará executar outra broca após a galvanização, e isso pode custar muito tempo e dinheiro.
Então, aqui está o meu palpite: alguns fabricantes de PCB usam diferentes máquinas de perfuração para diferentes tamanhos de furo: os minúsculos furos passantes são perfurados com uma máquina enquanto os maiores, uns furos de cinco a dez mm são perfurados em outra. Se você fizer os furos maiores após o revestimento, não adiciona uma etapa e economiza material de revestimento, o que é bom. Agora é por isso que o seu arduino possui furos de montagem não revestidos.
Tudo o que disse, isso se aplica somente se com chapeamento você quer dizer chapeamento. Se estamos falando das almofadas ao redor de um orifício de montagem, agora é uma história completamente diferente.