Depois de postar a mesma pergunta no fórum E2E da TI, recebi a seguinte resposta:
A maioria dos esquemas de terminação seguirá os exemplos que você citou, e não os projetos SLVU126 (TPS2384) e SLUU269 (TPS23841) TI EVM. Esses projetos de EVM tendem a ter mais circuitos de avaliação de referência do que qualquer projeto de produto final. Portanto, neste caso, um único capacitor ESD de alta tensão para cada porta.
Os capacitores de 10nF atuam como um bloco CC para a tensão da porta PoE e aparecem como um curto em altas frequências. Esses capacitores são necessários nos pares Ethernet que carregam a tensão CC, mas podem ser removidos para o outro par (pelo menos na extremidade PSE). Na extremidade do PD, os capacitores de 10nF são necessários em cada par, porque o PD pode receber tensão DC de qualquer um dos pares de conjuntos. Os capacitores de 10nF podem ter menor custo, tensão e tamanho.
Outras boas referências estão localizadas nas folhas de dados do fornecedor que fabricam módulos magnéticos, como o Pulse PN JK0-0177NL, usado em http://www.ti.com/lit/pdf/sluuay8 . Nesse caso, são usadas uma única tampa ESD de alta tensão e quatro tampas de 22nF LV.
Portanto, o segundo capacitor ESD 1nF é supérfluo e acho que diminui os efeitos da terminação de Bob Smith.