Eu acho que você quer dizer um portão lógico 'discreto'.
Sim, há razões pelas quais você pode querer usar um portão externo. Vou dar um exemplo real: tenho um microcontrolador que controla um sinal de relógio para algumas caixas externas. Ele deve ligar o relógio (vários MHz) em um momento determinado pelo microcontrolador e não deve alimentar nenhum pulso de "desaceleração". Sincronizando a ativação com o gerador de relógio (um flip-flop) e bloqueando-a (um 'e' gate), as especificações podem ser atendidas. Não há como fazê-lo apenas com o micro.
Em outro caso, um sinal externo de um comparador deve ser ativado por um temporizador no microcontrolador. O microcontrolador periférico tem a capacidade de alternar com precisão (em tempo) seu pino de porta, mas não possui capacidade de 'e' sinalizar com esse estado de pino.
Em alguns casos, os microcontroladores foram equipados com alguma lógica configurável para atender a esse tipo de requisito (a 'CLC' ou 'célula lógica configurável') nas peças do microchip, por exemplo), mas sempre haverá aplicações em que o micro fabricante não antecipou a aplicação. De fato, às vezes ligamos um FPGA inteiro com centenas de milhares de portas ao micro para obter lógica externa suficiente para atender aos requisitos.