Transistores bipolares e FETs funcionam da mesma forma no lado da saída quando você os utiliza como comutadores em aplicações de baixa potência, como você mencionou. Ambos vêm em dois sabores para fazer interruptores laterais altos ou baixos. O NPN bipolar e o canal N FET são os comutadores laterais baixos, e o PNP bipolar e o canal P FET são os comutadores laterais altos.
A diferença entre bipolar e FET é principalmente como eles são ligados e desligados. Os bipolares são ativados, executando alguma corrente através da base. Isso permite que uma corrente muito maior flua através do coletor. A proporção da possível corrente do coletor para a corrente base é o ganho do transistor. Os FETs são controlados por tensão em vez de corrente. Um MOSFET de canal N básico pode exigir 12-15 volts no portão para estar totalmente ligado, com 0V totalmente desligado. Existem coisas chamadas FETs de "nível lógico" que podem alternar entre ligar e desligar o suficiente para serem acionadas diretamente por saídas lógicas de 3,3V ou 5V.
Discordo do Starblue e digo que, para aplicativos de comutação muito simples para uso em hobby, obtenha alguns FETs de bom nível lógico, como o IRLML2502. Eles custam 10s de centavos cada, mas são muito nebulosos, desde que tudo seja limitado a 20V. Eu certamente não começaria com isso para um design de volume feito por um profissional, mas se você quiser apenas começar com uma resposta que atenda às mais necessidades, esta é uma boa primeira parte para se acostumar.
Quando estiver pronto para experimentar os bipolares, obtenha 100 cada um dos 2N4401 e 2N4403. Eles são muito baratos, amplamente disponíveis e bastante robustos para o seu tamanho. Eles também seriam bons para alternar cargas de 200mA, mas você precisa saber um pouco mais para usá-las bem. Você não pode simplesmente conectá-los diretamente a uma saída de microcontrolador em um aplicativo de comutação.