A razão é toda sobre a corrente de fuga. A junção BC supera todos os diodos de baixo vazamento em mais de um fator de 10. Um diodo de baixo vazamento altamente usado, o BAV116, é classificado em 5nA de corrente de vazamento rotativa. A junção BC de um 2N3904 está bem abaixo de 30pA à temperatura ambiente. O uso da junção BE é um vazamento ainda menor, geralmente em torno de 5pA. Você não pode tocar nisso com diodos de baixo vazamento padrão. Existem díodos baseados em FET muito caros que são mais baixos, mas são raros. A vantagem da junção BC é que sua tensão reversa é a do transistor. Usando BE, a junção "Zener" está em 6-7 volts. Ainda é bastante útil em circuitos de baixa tensão ou mesmo como grampo assimétrico.
Eu tenho usado 2N3904s para diodos de baixo vazamento por anos com excelentes resultados. Preste atenção à máxima corrente direta através da junção selecionada.
No circuito de exemplo, a junção BC foi usada devido à faixa de tensão. Aumentou o tempo de espera do capacitor de amostra, reduzindo o vazamento de rotação de volta à saída do amplificador operacional. Eu acho que o vazamento do mosfet de reinicialização dominará esse circuito, já que o viés de entrada do AD820 é tipicamente 2pA.