Ao fazer um teste de ECG, os eletrodos são muito mais condutivos que a pele seca, portanto a possibilidade de desencadear fibrilação ou outra arritmia por pequenas tensões está presente e precisa ser levada muito a sério. A maioria dos pulsos de marcapasso para marcapassos implantados é de 2mV a 250mV. Isso não é muita tensão, e se o dispositivo acidentalmente levar isso ao coração, você poderá estar com muitos problemas.
Resposta curta: Leia IEC 60601-2-25.
Resposta média: para fazer isso hoje em dia, você precisa ter todos os seus sinais digitais opto-isolados através de um limite de isolamento físico, e sua fonte de energia precisa ser isolada (ou seja, transformadores). Existem requisitos muito detalhados e rigorosos sobre que tipo de proteção eles precisam ser capazes, o que envolve ser capaz de suportar ser atingido por muitos quilos de tensão e não cruzar a fronteira.
Toda a sua amplificação e processamento de dados precisa ocorrer a montante do seu limite de isolamento, com basicamente nada além de um UART cruzando-o. Em resumo, você basicamente precisa criar um PCB personalizado para fazê-lo corretamente.
Use algo como o ADS1298 da TI como um front end analógico, com o qual você pode se comunicar por meio do SPI.