Respostas:
Programadores de ISP normais não possuem recursos de depuração JTAG. Para isso, você precisará de hardware um pouco mais caro. Um emulador JTAG no circuito permitirá que você deixe seu circuito se comunicar com o seu PC enquanto você estiver executando o firmware. Dessa forma, você pode definir pontos de interrupção, observar a memória, ativar / desativar pinos e ver o status exato do seu microcontrolador. Os programadores ISP da EMSL e Adafruit não permitem que você faça isso.
Um dos programadores mais baratos que possuem recursos de emulação no circuito é o AVR Dragon . Vai custar cerca de US $ 50, - . É barato por uma razão: é muito fácil sobrecarregar o circuito e interromper o programador. Se você conseguir um, eu recomendo que você encontre alguma forma de proteção como um DragonRider ou um DragonHide . (Eu já matei meu primeiro dragão, o que é surpreendentemente fácil de fazer)
Uma solução mais robusta seria um AVR-JTAG-ICE-MKII, mas isso é muito mais caro .
Você também pode tentar criar um você mesmo .
Outra opção para o hardware pode ser o Bus Pirate por US $ 27,15 (vendido pelo seedstudio), que também faz outras coisas. Ainda não o usei para o JTAG, mas é o que o manual diz: link .
Para o hardware, veja minha resposta para uma pergunta semelhante .
Para o software, você pode começar com o AVR Studio no Windows. Se você estiver usando o Linux para sua plataforma de desenvolvimento, leia este artigo do Linux Journal .