Eu uso o 4401/4403 como meu transistor de geléia quando isso não importa, e na maioria das vezes isso não importa. Como você diz, o 4401 e o 3904 têm especificações semelhantes, mas existem diferenças. O 3904 é melhor em correntes realmente baixas, mas o 4401 pode lidar com correntes mais altas.
Na maioria das vezes, o 4401 é bom o suficiente, então eu o "padronizei", já que é mais robusto e encontro aplicativos de 100 mA e mais de 100 µA.
Depois de escolher algo como sua parte de geleia, você deseja usá-lo sempre que for bom o suficiente. Você não deseja que a compra e a manufatura precisem lidar com mais peças diferentes do que o necessário. Pessoalmente, acho que o 4401 é uma escolha melhor para isso, pois será adequado para mais algumas aplicações que o 3904, pelo menos para as coisas que costumo fazer.
Portanto, não uso um 3904. No caso relativamente incomum em que preciso de muito ganho em correntes muito baixas, usarei outra coisa ainda mais adequada. O 3904 é muito próximo do 4401 que eu uso em volume para valer a pena estocar.
Se você escolher o 3904 como seu NPN de geleia, ainda poderá usar um 4401 quando precisar de mais corrente do que o 3904 pode suportar, até alguns 100 mA. Isso porque o 4401 é uma peça realmente barata nessa faixa atual. Além disso, você usará outra coisa, provavelmente um transistor de potência.