Tem a ver com a estrutura de um transistor BJT. Vamos olhar para um NPN:
Fonte da imagem
Você tem uma região de coletor feita de semicondutor do tipo N, uma base do tipo P e um emissor do tipo N. Não vou entrar em detalhes, pois está além do escopo da pergunta, mas basta uma pergunta: o coletor e o emissor não são parecidos?
O que você fez foi conectar o emissor ao terra e o coletor ao terra através de um resistor. Você aplicou uma voltagem à base.
Normalmente, o que você esperaria com uma tensão na base é que a corrente flua da base para o emissor - é basicamente um diodo com a base como ânodo e o emissor como catodo. Se a tensão no cátodo for maior que a base, esse fluxo de corrente através da junção base-emissor fará com que a corrente flua do coletor para o emissor.
No entanto, no seu caso, o coletor não possui um potencial maior que a base, mas um potencial menor. É aqui que entra minha pergunta - bem como a junção base-emissor, a junção coletor-base também é uma junção PN, que também é um diodo. Novamente a base é o ânodo, mas desta vez o coletor é o cátodo. Isso significa que quando você aplica uma voltagem mais alta na base do que no cátodo, uma corrente flui da base através do cátodo.
Agora você tem corrente fluindo da base para o cátodo, através do resistor para o terra, assim o misterioso fluxo de corrente é identificado.
Para esclarecer mais, aqui está o seu circuito se considerarmos as junções PN como diodos (*):
simular este circuito - esquemático criado usando o CircuitLab
Você pode ver como a corrente agora pode fluir através do diodo emissor de base e do diodo coletor de base.
Em termos de por que seu gráfico atual está mostrando a corrente do coletor como negativa, isso certamente se deve ao modo como você sondou o fio em sua simulação.
A sonda de simulação será configurada para que o fluxo de corrente no coletor seja considerado "positivo". Além disso, a segunda sonda será configurada para que o fluxo de corrente através do resistor de cima para baixo seja considerado "positivo".
Porém, neste caso, a corrente está saindo do coletor ("negativo" do ponto de vista das sondas) e entrando no resistor ("positivo" do ponto de vista das segundas sondas). Como resultado, há uma discrepância no sinal.
Basicamente, é como ter dois amperímetros em série, mas um ligado para trás. Eles mostrarão leituras iguais mas opostas.
Informações sobre bônus
Agora, a corrente do coletor de base será muito menor que a corrente do emissor de base, em parte porque você tem o resistor em série do coletor ao terra, o que reduz uma certa tensão e limita a corrente (assim como colocar um resistor em série com um LED) , mas também em parte porque a estrutura NPN é mais complexa.
O emissor é dopado com mais força do que o coletor, o que significa que a junção BE realmente terá uma queda de tensão direta muito menor do que a junção BC. Como resultado, mesmo sem o resistor, a corrente BC será consideravelmente menor que a corrente BE.
De fato, você pode usar um transistor BJT ao contrário (trocando C e B), mas o desempenho será massivamente degradado.
(*) A visualização do diodo não representa inteiramente um transistor NPN. Se você juntar dois diodos assim, você não terminará com um transistor NPN devido às ligações metálicas do diodo entre outras coisas. No entanto, descreve com precisão o efeito que você está vendo.