Encontrei alguns engenheiros de origens não relacionadas que colocam componentes não preenchidos na BOM. Alguns farão uma seção claramente identificada como DNP na parte inferior, outros os deixarão dispersos por toda a lista técnica, mas destacarão as linhas.
Ter uma seção DNP parece ser o caminho a percorrer, se você precisar fazer isso, a única desvantagem que posso pensar é que terá que haver uma edição mais manual da saída do pacote CAD. (Testemunhei isso pessoalmente, os DNPs foram alterados no último minuto, a seção DNP não foi editada corretamente e as partes que não deveriam estar no quadro foram colocadas.) poderia haver linhas duplicadas facilmente para edição preenchida e não preenchida e, novamente, mais edição manual.
Não vejo por que essa prática é necessária. Uma lista técnica, por definição, é uma lista de itens necessários para criar algo. Se um componente não estiver na lista técnica e no desenho de montagem, ele não deverá estar no quadro. A adição de componentes que não estão realmente lá parece uma fonte de confusão mais adiante para quem entra na lista técnica no ERP e compra. O que a colocação de peças não preenchidas na BOM alcança que a ausência da BOM e o desenho da montagem não?