O problema real não é a porta USB desprotegida, o problema real é que seu dispositivo coloca você e seus dispositivos em risco de serem conectados a fontes de alta voltagem e corrente relativamente alta.
Você pode resolver a sobretensão transitória com diodos de aperto, mas isso não ajudará se a fonte de alimentação for suficientemente forte - eles simplesmente falharão e você estará na mesma situação de antes, apenas milissegundos e o cheiro de semicondutores queimados ainda mais.
Seu problema é ruim, por várias razões, e seus laptops são os menores:
O USB deve ser manuseado manualmente (isso é redundante); portanto, se essa falha matar o seu laptop, não tenho a maior confiança de que ela é inerentemente salva para a interação humana.
Por um bom motivo, existem critérios de projeto para circuitos que envolvem a comutação de tensões mais altas com tensões mais baixas.
Geralmente: você precisa de isolamento galvânico entre o que qualquer humano (mesmo um técnico de serviço) possa tocar durante a operação e as tensões perigosas.
Portanto: separe estritamente o seu controlador USB e as coisas que ele alterna. É prática comum acionar cargas indutivas ou de alta tensão usando acopladores ópticos, cujo lado secundário é acionado por uma fonte de alimentação separada.
O layout da placa deve separar as regiões de alta tensão do ambiente 5V / MCU. Somente acopladores ópticos, núcleos de transformador e relés podem atravessar esse limite. Sem compromissos.
Um problema típico é que o aterramento da fonte de alimentação do seu dispositivo tem um potencial completamente diferente do aterramento USB - embora isso não deva ser um problema para um laptop, que deve ser galvanicamente separado de qualquer outra coisa, existem muitos casos em que você encontra problemas com isso (por exemplo, a terra do laptop acaba em terra Ethernet, terra de áudio, terra RS-232 ...). A separação estrita (isolamento) entre controlador e controlado faz com que isso não seja um problema inerente.