Não acho que exista muito risco de corrupção de dados em temperaturas de refluxo por um ciclo curto, embora talvez isso leve uma pequena fração da vida útil da retenção.
A maioria dos principais fabricantes de microcontroladores venderá seus dispositivos pré-programados com o firmware - portanto, é lógico que eles esperem que você os solde. Estou falando de pré-programado em flash, não em máscara de ROM, e isso pode ser feito em quantidades modestas.
Também é prática comum de engenharia reversa dessoldar um IC flash de um PCB para lê-lo.
Existem certos tipos de memória não volátil mais exóticos aos quais isso definitivamente não se aplica - os dados armazenados na RAM de mudança de fase não sobreviverão ao reflow e os MRAMs mais antigos do IIRC também foram suscetíveis, embora atualmente os fabricantes de MRAM estejam dizendo que não é um problema.