A cor vem da máscara de solda, então o que você realmente está perguntando é quais cores estão disponíveis. A resposta é que você pode obter praticamente qualquer máscara de solda colorida, mas as menos comuns podem custar mais, dependendo do fabricante. Diferentes fabricantes oferecem diferentes padrões. Um fabricante pode oferecer apenas verde como padrão e você precisará pagar um prêmio por azul, vermelho etc.
Para responder à sua pergunta principal sobre o que é comumente disponível, vi verde, azul, roxo, vermelho, preto e branco. Esses parecem ser os mais populares. No trabalho, usamos placas verdes para indicar montagens com chumbo (porque no passado, antes das restrições RoHS, todas as placas eram feitas em verde), azul para indicar conformidade com a RoHS e vermelho para protótipos. Não há "melhor cor", é totalmente sua escolha. Pessoalmente, eu não ligo para máscara de solda preta ou máscara de solda branca, porque é difícil ver os rastreamentos que podem ser úteis na solução de problemas.