Use o que for mais conveniente para você. Não importa em que pacotes de unidades são definidos, porque qualquer software decente separa as definições de pacote das dimensões de layout e roteamento. Use as métricas utilizadas pela folha de dados ao definir a área de cobertura do pacote, pois isso minimizará erros. Mesmo assim, volto a centímetros ao definir as camadas do silkscree e da documentação, porque é com isso que posso me relacionar mais diretamente.
Para layout e roteamento, use o que você quiser. Eu aprendi essas coisas pensando em polegadas e mils, e é isso que eu uso. Posso imaginar 8 mils na minha cabeça, mas teria que converter o equivalente em mm para obter uma imagem mental. É para isso que servem os computadores. Eles são muito bons em multiplicar ou dividir por 25,4; portanto, atendam a você, e não o contrário.
Ao exportar arquivos para uma casa de diretoria, usaria polegadas. Isso parece ser mais do padrão universal, provavelmente devido à história. Os computadores da casa da diretoria também podem se multiplicar por 25,4, para que as casas da diretoria que usam mm internamente não sejam incomodadas. Alguns anos atrás, algumas casas de diretoria queriam toda a entrada em polegadas, mas suspeito que isso não seja mais verdade hoje.