É a direção da seta que indica:
Canal N
Canal P
A seta aponta de P a N (como um diodo) para que você possa saber qual é qual canal. Por exemplo, no diagrama superior, a seta aponta para o canal, portanto o canal é do tipo N. No diagrama inferior, ele aponta para longe, de modo que o canal é do tipo P (ou seja, de P a N)
Para esclarecer, isso também se aplica ao símbolo que possui a conexão do portão desenhada no meio:
Tanto quanto sei, isso deve ser usado apenas quando a fonte / dreno é intercambiável, mas geralmente é usado com erro (muitos JFETs não são simétricos, portanto, não podem ser usados de maneira inversa)
Se um JFET é simétrico, ele pode ser usado de qualquer maneira e funciona da mesma maneira. Nesse caso, acho que é apenas uma convenção chamar uma fonte terminal e a outra drenar, mesmo que isso não importe na prática.
No entanto, alguns JFETs são projetados para que o canal não tenha a mesma espessura o tempo todo, e a capacitância de dreno de porta difere da capacitância de fonte de porta. Isso pouco importa para muitas aplicações e o dispositivo ainda pode ser usado de maneira inversa, mas pode ser importante em algumas aplicações (por exemplo, alta frequência).
Não consegui encontrar boas referências que entrem em detalhes rapidamente sobre o assunto, mas pesquise no Google por "JFET assimétrico" e leia as várias patentes. Também "Art of electronics" tem uma breve menção a isso.