A rotina de interrupção armazena os dados em um buffer (um buffer circular com ponteiros put e get funciona bem). O loop principal verifica se há dados no buffer e, quando houver, os remove. O loop principal pode fazer outras coisas, mas precisa verificar e remover os dados antes que o buffer de interrupção transborde (quando o put se encontra com o get).
Não será compilado, mas isso ilustra o método.
char circ_buf[BUFFER_SIZE];
int get_index, put_index;
void initialize(void) {
get_index = 0;
put_index = 0;
}
isr serial_port_interrupt(void) { // interrupt
circ_buf[put_index++] = SERIAL_PORT_REGISTER;
if(put_index==get_index) error("buffer overflow"); // oops
if(put_index==BUFFER_SIZE) put_index = 0; // circular buffer
}
void background routine(void) {
while(put_index!=get_index) { // or if()
ch = circ_buf[get_index++];
// do something with ch
if(get_index==BUFFER_SIZE) get_index = 0;
}
}