Sim, é seguro desligar abruptamente um Arduino.
Bem, principalmente seguro.
Os processadores usados nos vários Arduinos têm três tipos de memória:
Flash - Onde seu programa está armazenado. Seu programa pode ler coisas daqui, mas não pode escrevê-las.
RAM - Onde as variáveis do seu programa são mantidas enquanto o programa está em execução. Os dados aqui desaparecem quando você desliga o Arduino. Seu programa lê e grava aqui constantemente.
EEPROM - Onde seu programa pode armazenar coisas, ele precisará da próxima vez em que for executado. Geralmente coisas que mudam raramente, mas são necessárias sempre que o programa é executado. Como dados de calibração para um sensor.
A maioria dos programas usa apenas Flash e RAM. Você pode ligar e desligar o Arduino a qualquer momento com esses programas.
Se o seu programa gravar na EEPROM, desligar a energia enquanto estiver gravando na EEPROM poderá corromper os dados.
Como isso afeta o seu programa depende de quais são os dados.
Se ele corromper os dados de calibração de um sensor, você obterá medições ruins para o que o sensor estiver detectando.
Se você escrever somas de verificação com os dados da EEPROM, poderá detectar a corrupção e o programa poderá desligar em vez de usar dados incorretos.
Obviamente, você saberia se o seu programa grava na EEPROM - você precisa carregar uma biblioteca separada e usar comandos especiais para ler e gravar na área da EEPROM.
O perigo é realmente apenas naquele breve momento em que você escreve para a EEPROM. Como isso acontece raramente (e geralmente apenas sob condições controladas), também será raro corromper os dados da EEPROM.
Resumo:
Você pode ativar e desativar um Arduino à vontade, sem perigo, a menos que esteja usando a EEPROM - e mesmo assim você poderá se safar na maior parte do tempo.