Na época em que esse chip foi projetado, as pessoas usavam o menor número possível de transistores na CPU, para torná-los pequenos o suficiente para caber nos chips disponíveis.
Suspeito que praticamente todos os "registradores" (tanto os registros do conjunto de instruções visíveis pelo programador quanto também as travas internas da microarquitetura) em uma CPU daquela época armazenassem dados em uma trava D transparente ou algo semelhante. Atualmente, há muitos transistores em um chip, por isso é mais simples usar chinelos D-master escravo completos, mesmo que eles usem o dobro de transistores.
Muitas instruções pegam dados de algum registro A, combinam-no com outros dados com a ALU e armazenam o resultado novamente no registro A. Isso é muito fácil de fazer se o registro A for implementado com um flip-flop D mestre-escravo completo.
Porém, se o registro A for uma trava D transparente, você precisará de relógios não sobrepostos. Você usa um pulso em um relógio para armazenar algum resultado intermediário em algum lugar (enquanto o registro A mantém sua saída constante) e, em seguida, um pulso em outro relógio para carregar o registro A com o novo valor (enquanto o registro intermediário mantém sua saída constante).
Isso requer um relógio de duas fases. A maneira mais fácil de criar um relógio de duas fases não sobreposto (naqueles dias em que os transistores eram escassos) era um pequeno circuito externo que pega um relógio de entrada e o divide por dois.
Com o passar do tempo, as pessoas descobriram como colocar cada vez mais transistores em um CI. Assim, as pessoas que projetam CPUs integram cada vez mais as coisas em torno da CPU em um sistema de computador completo no chip da CPU.
Lendo nas entrelinhas do artigo de sinal de relógio da Wikipedia , tenho a impressão de que as pessoas que projetaram o 8085 e o 6502 e outros chips daquela época tinham pouco mais de espaço do que a geração anterior de CPUs integradas e decidiram o melhor o uso daquela sala era colocar esse pequeno circuito externo no chip. Mas eles mantiveram todos os registros com a mesma trava D fechada de antes.
É por isso que a frequência do relógio é dividida por dois. Você pode pensar no primeiro pulso de relógio externo que gera um pulso no sinal de relógio interno phase_one para atualizar esse registro de resultado intermediário e no segundo pulso do relógio externo que gera um pulso no sinal de relógio interno phase_two para atualizar o registro visível do programador.