Outras respostas já mencionaram os principais fatores que determinam essa escolha: menor VHS total, menor indutância total, melhor capacidade de manipulação de calor, etc.
Vou acrescentar mais um aspecto que foi negligenciado: confiabilidade .
Se você tiver apenas um capacitor grande, uma vez que ele falhar, você ficará com um sistema não funcional. Além disso, uma tampa maior pode causar mais danos aos componentes próximos se falhar espetacularmente.
Ter vários limites em paralelo ajuda a atenuar os efeitos que você tem quando um limite falha, pois os outros ainda estarão lá. Você pode até projetar o sistema com redundância em mente, ou seja, adicionar mais limites do que o mínimo necessário, dadas as outras restrições.
Também há problemas com resistência a vibrações (isso é particularmente relevante ao lidar com grandes motores). Um único capacitor grande pode ser sobrecarregado mecanicamente com mais força quando sujeito a vibrações. A grande massa da tampa pode ressonar mecanicamente e exercer uma tensão maior em seus terminais ou pontos de montagem, levando à falha mecânica da própria tampa ou do PCB ao qual está conectada.
Capacitores menores, por terem menos massa, menos inércia, experimentam e causam menos estresse mecânico devido a vibrações ou choques. Portanto, também é mais fácil (e mais barato) projetar alívio de tensão apropriado para evitar tensões mecânicas e choques que causam problemas.