Normalmente, sua máscara de colar não exporia os orifícios passantes. A razão pela qual não desenvolvi mais foi porque interpretei a pergunta como não sendo tão sutil quanto alguns dos outros que escolheram responder.
Elaborando (por demanda popular), quando você projeta uma PCB em praticamente qualquer pacote CAD elétrico moderno (Eagle, KiCAD, Mentor Graphic, Altium, Cadence, Zuken etc.), a última etapa (*) antes de enviar sua placa para ser produzido é gerar o "trabalho artístico de camada" (também conhecido como arquivos Gerber) que o fabricante de PCB pode usar para construir sua placa.
Uma dessas camadas será a camada Colar (também conhecida como Creme) para o lado superior (também conhecido como Componente) e uma camada para o lado inferior (também conhecido como Solda) da placa. Essas duas camadas não têm valor para o fabricante de PCB. Eles são, no entanto, de interesse para quem estiver fazendo o seu PCB Assembly, pois eles normalmente usam esses arquivos para fazer um estêncil sobre o qual a pasta de solda pode ser arrastada para depositar a pasta de solda em todas as almofadas expostas onde os componentes serão colocados (geralmente por uma máquina Pick and Place, mas também pode ser feita manualmente para pequenos projetos / volumes) antes de passar por um processo de refluxo controlado por perfil de temperatura. Quasenunca (em 2019), eu diria, as almofadas de furo passante (onde seus componentes serão eventualmente preenchidos) expostas neste estêncil de solda e, portanto, nenhuma solda será depositada nessas almofadas, e há muito pouco risco de solda fluir para eles ou seus orifícios associados durante o reflow.
O risco de refluxo é ainda mais mitigado por outra daquelas camadas de Gerber, chamada camada de máscara de solda. Durante a fabricação de PCB, essa camada age como um outro estêncil para definir onde não aplicar uma camada de filme que seja fóbico à solda (ela não se liga a ela). Normalmente, as almofadas de orifício de passagem e as almofadas de montagem em superfície são expostas através da camada de máscara de solda, e a exposição da máscara de solda é um pouco maior que a do solde, para que você possa soldar os componentes na PCB com pasta de solda aplicada e solda manual .
Devido a esses dois fatores, é provável que você provavelmente não tenha nenhum problema ao fazer o reflow SMD e, em seguida, preencher e soldar as peças do orifício.
(*) Atualmente, muitos fabricantes aceitam um arquivo de design nativo dessas ferramentas (por exemplo, o arquivo .brd da Eagle) e sintetizam os próprios artefatos do Gerber. Acho que é uma boa ideia fazer isso por mim mesmo e revisar os Gerbers para mim em um visualizador Gerber, mas dependendo de quanto você confia no seu fabricante, isso pode ser considerado "old school".