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Eu diria ou ngspice com gspiceui (parte da gEDA que acredito) ou LTSpice com vinho, como Renan já mencionou.
Aqui está uma captura de tela do ngspice no KDE (com um dos pacotes gráficos adicionais, como noz-moscada):
Eu tenho uma caixa Linux e uso a segunda opção (raramente, já que estou principalmente no meu laptop Windows), simplesmente porque estou acostumada ao LTSpice.
Também existem muitas outras, incluindo algumas variantes interessantes, como o eispice , que afirma ser o único SPICE de código aberto que fornece suporte nativo ao modelo IBIS (isso pode ser bastante útil para muitos designers digitais de alta velocidade com um orçamento limitado - certamente verificarei fora). O objetivo era inicialmente a simulação da integridade do sinal PCB, mas foi expandido para incluir recursos de uso geral.
O SPICE foi desenvolvido no, é e sempre foi baseado no UNIX, com a maioria das instâncias do software sendo ativamente executadas no Unix. Existem muito poucas variantes do Windows em comparação. Como resultado, existem muitos sabores diferentes de especiarias por aí e muitos que são FOSS. gEDA, XSpice etc. Uma pesquisa rápida no EDA no código livre (o antigo repositório de carnes frescas) mostra 16 instâncias, mas nem todas são gratuitas. Outra pesquisa no forge de origem mostra GNUspice e ngSpice.
Existe até um spin de FEL (Fedora Electronics Lab) que está um pouco desatualizado e possui muitas, muitas ferramentas de EDA agrupadas em uma versão focada.
Até onde eu sei, não há algo como o Proteus para Linux.
Se você não se importa em usar o Wine para executar aplicativos Windows no Linux e em um aplicativo de código fechado, o LTspice funciona perfeitamente lá (é o que eu costumo usar)
Caso contrário, há o ngspice , para o qual Oli já apontou para uma GUI do ngspice.
Há outro projeto interessante que você pode ver, o QUCS .