Isso é uma estupidez da Eagle. Infelizmente, você recebe esses avisos quando um pino de suprimento é conectado a uma rede com um nome diferente do pino.
Pior ainda, o Eagle conectará implicitamente um pino de suprimento a uma rede com o mesmo nome. Eu e muitas outras pessoas, a julgar pelos fóruns da Cadsoft, também achamos isso estúpido, mas a Cadsoft até agora se recusou a corrigir isso.
Não tenha a impressão geral errada de Eagle. É um ótimo pacote oferecido por um ótimo preço, e é isso que eu também uso. Como qualquer software complicado, ele tem suas peculiaridades e algumas escolhas totalmente estúpidas.
Algumas outras coisas para se acostumar: As linhas são desenhadas com o comando WIRE, exceto quando representam fios, e você usa o comando NET. CUT não faz um corte, mas uma cópia, e COPY nunca parece fazer algo útil.