Se o seu sistema de arquivos for somente leitura, use ext2. Isso é comprovadamente estável por várias décadas, é rápido, eficiente, suporta propriedade, suporta bits de permissão e tem uma enorme base de usuários, como toda caixa Linux suporta. Em outras palavras, ele suporta tudo o que um sistema Linux decente exige.
Se a opção somente leitura não for uma opção, sua próxima melhor aposta será ext3. Além de todas as propriedades fornecidas com o ext2, o ext3 traz registro no diário. Isso significa que todas as alterações no disco são confirmadas apenas depois de realmente serem gravadas no disco. Tecnologia comprovada e muito estável. Um problema com o ext3 é o nivelamento de desgaste.
O Ext4 melhora o desempenho em vários casos de uso, mas vem com mais sobrecarga da CPU. Hoje, a maioria das distribuições é padronizada como ext4. Aparentemente, reduz gravações desnecessárias, o que é bom para um SSD. Ext4 tem uma extensão TRIM.
Em seguida na linha BTRFS. Não vá lá. Embora várias distribuições ofereçam BTRFS ou até mesmo o padrão, não era estável na última vez que o testei (H2 2012). Você não deseja usar um sistema de arquivos que não se provou estressado. Muitos erros estão sendo corrigidos.
O Linux oferece muitos sistemas de arquivos, mas os que eu mencionei acima são os mais comuns.
Claro que existe o FAT32 (vfat), não vá lá. É antigo, sofre fragmentação e não permite permissões de propriedade e arquivo.
O NTFS é de código fechado, nem pense nisso. Sim, meio que funciona no Linux, mas a implementação é totalmente baseada em engenharia reversa (porque a Microsoft não divulga nenhum detalhe técnico) e a implementação do Linux simplesmente não é confiável.
Um JFFS2 precisa ser totalmente digitalizado em uma montagem, portanto, o tempo de montagem aumenta linearmente com o tamanho do dispositivo. Isso é causado pelo fato de não haver algum tipo de estrutura em árvore para armazenar arquivos.