É verdade que, na maioria dos condutores, os portadores de carga reais são elétrons com carga negativa, que deixam o terminal negativo da fonte de energia, passam pelo circuito e retornam ao terminal positivo da fonte.
No entanto, os primeiros cientistas que estudavam eletricidade não sabiam sobre elétrons, declararam arbitrariamente que a corrente fluía do terminal positivo da bateria, através do circuito, voltando ao terminal negativo da bateria. Hoje, quase todo mundo usa essa corrente "convencional" (carga positiva) e você evitará confusão ao usá-la também.
Os circuitos funcionam igualmente bem se você deseja pensar neles usando corrente convencional (positiva) ou eletrônica (negativa).
Para o seu circuito de LED e resistor, não importa qual componente está conectado ao terminal positivo da bateria, como a Lei de Correntes de Kirchoff diz que a corrente é a mesma em todos os pontos de um circuito em série. Ou seja, o resistor limitará a corrente através do LED, seja ele "antes" ou "depois" do LED, independentemente de como você acha que a corrente está fluindo.