A implicação principal é que você não pode modificar as informações armazenadas no PROGMEM. Você também receberá um desempenho (muito pequeno), pois a cadeia precisa ser copiada 1 byte de cada vez.
O desgaste do FLASH não é uma preocupação (principal), pois para fazer alterações no seu programa você teria que reprogramar o FLASH de qualquer maneira.
Com a introdução do IDE 1.x, a macro F () foi incluída. Isso facilita manter as strings no PROGMEM.
Por exemplo, em vez de usar: Serial.print ("Hello World!");
Agora você pode usar:
Serial.print (F ("Olá, mundo!");
Observe que F () não é uma função, é apenas uma macro, portanto seu uso é um pouco limitado.