O Fritzing é muito bom para isso, existem várias bibliotecas integradas e disponíveis para download que possuem muitas das plataformas mais populares, e você pode definir suas próprias partes usando um editor svg como o Inkscape . É particularmente bom ter definido áreas de pinos para as suas linhas se conectarem, para que as coisas não quebrem se você a arrastar.
O draw.io é bom para fazer diagramas de blocos rápidos e fiação simplificada e é baseado em navegador com uma agradável integração na nuvem. Mas eu não tentei usar imagens de PCBs para pinagem, por isso pode não ser a coisa certa para isso.
editar 22/02/2020 : aqui está um bom vídeo mostrando como os diagramas de penas Adafruit são feitos: https://youtu.be/ndVs1UvK6AE
O Sparkfun também possui um repositório no github para gerar elementos SVG que eles usam para suas pinagens de "folha de dados gráfica". Eu não tentei, mas o Sparkfun faz muitos desses tipos de pinagens: https://github.com/sparkfun/Graphical_Datasheets
Alguém levou isso adiante com um script python, que pode ser uma boa opção para usuários avançados, se você não se importa em aprender como usar o formato: https://github.com/stevenj/GenPinoutSVG
Também adicionando esse link a outro repositório do GitHub para gerar representações SVG de boa aparência de designs de PCB a partir de um arquivo de placa do KiCad. Também não usei isso, mas parece que seria muito parecido com o modo como Fritzing define as peças: https://github.com/yaqwsx/PcbDraw