Uma causa possível para a decisão de design foi que se tratava de uma restrição de empacotamento / orçamento. Eles tinham o modelo 4040, que foi embalado com 16 pinos e foram capazes de fabricar um novo contador com recursos diferentes de maneira relativamente fácil, mantendo-o tão semelhante:
O 4060 adiciona dois dígitos extras ao contador, além de dois pinos para conectar diretamente um oscilador de cristal. Então isso significaria quatro pinos extras. Portanto, para manter o contador no mesmo número de pinos, eles tiveram que omitir a saída de alguns dos bits do contador. Parece-me um pouco arbitrário quais pinos você omitiria. Os dois MSBs do balcão parecem ser os mais importantes, pois esses dois são um dos principais recursos que o diferenciam do balcão 4040.
O 4040 fornece um contador com um alto número de bits (12) e sem pré-calibrador. O 4060 fornece dois contadores diferentes com diferentes pré-calibradores. Existe um contador de 6 bits com um relógio / 16 prescaler ou um contador de 4 bits com um clock / 1024 prescaler.
No final, o 4060 parece ter sido projetado para fornecer recursos complementares ao 4040. O 4040 não possui conexões de oscilador, onde o 4060 possui. O 4060 pode dividir o relógio quatro vezes mais lento que o 4040 (o 4040 pode ser pré-escalonado por / 2, / 4, etc., omitindo LSBs). O 4060 não fornece um contador com um número alto de bits, enquanto o 4040 fornece.
Não tenho fontes para sustentar minhas reivindicações; portanto, trate essa resposta como parcial e com algum ceticismo.