Existem (pelo menos) duas maneiras. Primeiro, digitar C-u C-c C-oum link deve forçá-lo a ser aberto no emacs, e não em um aplicativo externo. Segundo, você pode substituir permanentemente o comportamento padrão adicionando uma entrada à variável org-file-apps:
(add-to-list 'org-file-apps '(directory . emacs))
que diz ao org-mode para usar dired para todos os links de diretório. Como alternativa, você pode usar customize-variablepara obter o mesmo.
O motivo pelo qual o comportamento padrão é diferente entre o OS X e o Linux é que org-file-apps-default-macosxcontém uma entrada direta(t . "open %s")
file:abrir os links no diredit ou gostaria de adicionar um novo tipo de link (comodiredit:) ao modo organizacional?