Eu estou supondo a partir da descrição, você está executando python no buffer do shell? Pode fazer mais sentido executar python como um comando síncrono ou pelo menos usar compilepara executar python.
Se você usar compile, acho que é mais fácil vincular uma chave a isso e, em seguida, usar C-x `( command-next-error) ou M-g n, M-g p( next-error, previous-error) para passar por erros com a análise de erro incorporada.
Acabei de testar usando o builtin python-modee C-c C-cexecuta o python-shell-send-bufferque inicia o python e envia o buffer para ele. O shell python parece estar ciente de erros, portanto, a chamada repetida C-x `pula para cada linha com um erro.
Não estou entendendo bem o que você quer dizer com "matar a saída anterior"? Você está tentando solucionar erros enquanto executa o programa simultaneamente novamente?