Como adicionar anotações no bloco PDF src, como nesta captura de tela?

Como escrever no modo Org (talvez precise usar o LaTeX) para arquivar esse efeito?

Esta resposta é focada no que me interessa, portanto, ela é usada mintedpara listagens de código-fonte com a Org e tikzmarkcomo o pacote que pode "marcar" um local na sua listagem para que você possa consultá-lo posteriormente a partir de uma imagem do Tikz. Aqui está um exemplo simples (ATUALIZADO):

#+LATEX_HEADER: \usepackage{tikz}
#+LATEX_HEADER: \usepackage{minted}
#+LATEX_HEADER: \usetikzlibrary{tikzmark}
#+OPTIONS: toc:nil

* Using minted with tikzmark 

# Org mode sample configuration (in your init.el file):
#+BEGIN_SRC emacs-lisp :exports none
  (setq org-latex-listings 'minted)
  (setq org-latex-minted-options
        '(("frame" "lines") ("linenos" "true")))
#+END_SRC

#+ATTR_LATEX: :caption \caption{Yes}\label{lst:code}
#+BEGIN_listing 
#+ATTR_LATEX: :options escapeinside=||
#+BEGIN_SRC c
  #include <stdio.h>

  int main()
  {
    // comment 
    printf("hello world\n"); |$\tikzmark{too}$|
    return 0;
  }
#+END_SRC
#+END_listing

#+BEGIN_LaTeX
\begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
\draw[dashed,->] (pic cs:too) ++(0,0.25) to[bend left] 
                 ++(5,-1)node[right]{$\bullet$ Here it is too!};
\end{tikzpicture}
#+END_LaTeX

As you can see in code listing \ref{lst:code}, \ldots

... e este é o resultado (exportado para LaTeX - XeLaTeX no meu caso):

Editei a resposta original para mostrar como colocar marcas fora dos comentários (usando a opção de pigmentos "escapeinside", em vez da opção "mathescape" limitada pela observação da resposta original) e como configurar uma legenda, um rótulo para este ambiente e também como obter uma referência a ele. HTH

2ND UPDATE: Aqui está uma versão do mesmo código (o mesmo de saída), que gerencia a utilização #+CAPTION, #+LABELe [[lst:ref]]estilos em vez de os de látex, e se livrar do ambiente listando envolvente completamente:

#+LATEX_HEADER: \usepackage{tikz}
#+LATEX_HEADER: \usetikzlibrary{tikzmark}
#+OPTIONS: toc:nil

* Using minted with tikzmark 

# Org mode configuration:
#+BEGIN_SRC emacs-lisp :exports none
  (setq org-latex-listings 'minted)
  (setq org-latex-minted-options
        '(("frame" "lines") ("linenos" "true") ("escapeinside" "||")))
#+END_SRC

#+LABEL: lst:code
#+CAPTION: Yes
#+BEGIN_SRC c
  #include <stdio.h>

  int main()
  {
    // comment 
    printf("hello world\n"); |$\tikzmark{too}$|
    return 0;
  }
#+END_SRC

#+BEGIN_LaTeX
    \begin{tikzpicture}[overlay,remember picture]
      \draw[dashed,->] (pic cs:too) ++(0,0.25) to[bend left]
      ++(5,-1)node[right]{$\bullet$ Here it is too!};
    \end{tikzpicture}
#+END_LaTeX

As you can see in [[lst:code]], \ldots

Isso não funcionou até que eu me livrei da #+ATTR_LATEX:linha - não importa onde eu tentasse colocá-la, ela interferia na associação entre legenda / rótulo e o bloco de origem.