Respostas:
Basta digitar em latexvez de pdflatexno C-c C-cprompt. TeX-PDF-modedefine o mecanismo TeX para pdflatex automaticamente. O comando que você está digitando no prompt é apenas representativo do que você deseja que o emacs faça latex, por exemplo , compilar , visualizar o arquivo pdf viewe assim por diante. Os comandos reais o prompt pode aceitar é dado na variável TeX-command-list.
O mesmo funciona para qualquer outro mecanismo, como xetex. Você define TeX-enginecomo xetex e liga latexquando C-c C-csolicitado.